Sezon 6
Mulder ve Scully'nin göreve dönme talepleri reddedilince X-Files'ın soruşturmasını iki yeni ajan devralır: Jeffrey Spender ve Diana Fowley.
Bölümler
1 Başlangıç 8 Kas 1998 
2 Sürüş 15 Kas 1998 
3 Üçgen 22 Kas 1998 
4 Rüyalar Diyarı 29 Kas 1998 
5 -Rüyalar Diyarı II 6 Ara 1998 
6 Hayalet Noel'i Nasıl Çaldı 13 Ara 1998 
7 Sevginin Şartları 3 Oca 1999 
8 Yağmur Kralı 10 Oca 1999 
9 S.R. 819 17 Oca 1999 
10 Tithonus 24 Oca 1999 
11 İki Baba 7 Şub 1999 
12 Bir Oğul 14 Şub 1999 
13 Tehlikeli Sular 21 Şub 1999 
14 Pazartesi 28 Şub 1999 
15 Kırsal 7 Mar 1999 
16 Alfa 28 Mar 1999 
17 Trevor 11 Nis 1999 
18 Milagro 18 Nis 1999 
19 Doğal Olmayan 25 Nis 1999 
20 Üç Benzer 2 May 1999 
21 Saha Gezisi 9 May 1999 
22 Biyolojik Oluşum 16 May 1999